Lesní správa Třeboň obhospodařuje lesní porosty v majetku státu na LHC Třeboň a LHC Domanín na 16 222,69 ha pozemků určených k plnění funkcí lesa. Území se nachází v jihovýchodní části Jihočeského kraje. Spadá do územní působnosti ORP Třeboň, Trhové Sviny, České Budějovice a Jindřichův Hradec. Organizačně je lesní správa Třeboň rozdělena do 10 revírů spravujících státní majeteka 3 revírů pro výkon odborné správy lesů soukromých vlastníků (OLH). Chod lesní správy zajišťuje 20 pracovníků (11 revírníků, 2 adjunkti a 7 pracovníků ústředí lesní správy).

Celkem 14 197 ha z obou LHC leží na území CHKO Třeboňsko. Na území lesní správy se nachází 3 národní přírodní rezervace (NPR Stará a Nová řeka, NPR Malý a Velký Tisý a NPR Brouskův mlýn), 12 přírodních rezervací (PR Rybníky u Vitmanova, PR Olšina u Přeseky, PR Staré jezero, PR Losí blato u Mirochova, PR na Ivance, PR Rašeliniště Pele, PR Bukové kopce, PR Široké blato, PR Dračice, PR Horní Lužnice a PR Ruda u Kojákovic), 4 přírodní památky (PP Slepičí vršek, PP Pískovna u Dračice, PP Soví les a PP Branské doubí). Dále na území lesní správy leží ptačí oblast Třeboňsko a 4 evropsky významné lokality soustavy NATURA 2000 (EVL Cepská pískovna a okolí, EVL Třeboňsko, EVL Třeboňsko – střed a EVL Široké blato).

Obhospodařované území se rozkládá v přírodní lesní oblasti 15 – Jihočeské pánve (99 %) a okrajově 16 – Českomoravská vrchovina a 12 – Předhoří Šumavy a Novohradských hor, ve 3. a 4. lesním vegetačním stupni. Průměrná roční teplota v Třeboňské pánvi kolísá od 6,8 do 7,8 °C. Průměrný úhrn ročních srážek převyšuje 600 mm. Nejrozšířenějším souborem lesních typů je 0G, dále 4P a 0K. Na většině území v prostoru pánve je charakteristické časté střídání písčitých a jílovitých sedimentů tercierního a svrchnokřídového původu. Podél vodotečí se nacházejí pleistocénní říční písky, holocénní náplavy a na častých místech s vývěry podzemních vod vznikla ložiska rašelin. Ve výše položených územích při V a Z okraji vystupují na povrch grafitické horniny centrálního a středočeského plutonu a metamorfované horniny moldanubického krystalinika.

Z dřevin jsou nejvíce zastoupené borovice lesní (53%), smrk ztepilý (34 %) a duby letní a zimní (5%).

V posledních letech výrazně ovlivnila hospodaření lesní správy řada přírodních katastrof. Po povodních z roku 2002 došlo na dlouhodobě zatopených územích k hromadnému odumírání porostů. K tomu se přidala kůrovcová kalamita, v roce 2006 sněhový polom, povodně 2006, Kyrill, Emma a následné kůrovcové těžby. Mezitím došlo na území Třeboňska k několika dalším lokálním povodním a dlouhodobému zatopení lesních porostů, tak jako například v roce 2013.